V programskem obdobju 2014 – 2020 sodeluje Slovenija v petih transnacionalnih programih:
- Območje Alp;
- Srednja Evropa;
- Mediteran;
- Podonavje;
- Jadransko-jonski program (ADRION).
V primerjavi s programskim obdobjem 2007 - 2013 se je transnacionalni program Jugovzhodna Evropa preoblikoval v dva transnacionalna programa: Podonavje in Jadransko-jonski program. Območji teh programov sta se prilagodili območju EU makroregionalnih strategij, da bi lahko programa bolje podpirala obstoječo Strategijo EU za Podonavsko regijo in nastajajočo Strategijo EU za Jadransko-jonsko regijo.
V petih programih obdobja 2014 - 2020 je v Evropskem regionalnem razvojnem skladu (ESRR) na voljo 872 milijonov €. Delitev sredstev poteka na podlagi transnacionalnih javnih razpisov za projektne predloge, ki jih objavljajo izvajalske strukture programov (skupni sekretariati v imenu organov upravljanja), in na podlagi odločitve nadzornih odborov, ki jih sestavljajo predstavniki vseh držav, vključenih v posamezen program. Člane nadzornih odborov pri izbiri projektnih predlogov podpirajo tudi nacionalne koordinacije, katerih namen je izbrati tiste projektne predloge, ki v najvišji možni meri ustrezajo strateškim usmeritvam sodelujočih držav.
Tabela: Višina sredstev iz Evropskega sklada za regionalni razvoj za transnacionalne programe, v katerih sodeluje Slovenija
| program | Območje Alp | Srednja Evropa | Mediteran | Podonavje | Jadransko-jonski program |
| sredstva iz ESRR v mln € | 117 | 246 | 224 | 202 | 84 |
Za slovenske upravičence znaša stopnja ESRR sofinanciranja 85 % upravičenih stroškov. Sofinanciranje poteka po načelu naknadnih povračil že plačanih upravičenih stroškov z zamikom, potrebnim za kontrolo upravičenosti stroškov in aktivnosti. Stroške morajo torej upravičenci zalagati. Sredstva ESRR so izplačana neposredno vodilnim partnerjem projektov; ti jih nato posredujejo ostalim projektnim partnerjem.
Vsi organi upravljanja, skupni sekretariati in ostale skupne upravljalske strukture transnacionalnih programov se nahajajo zunaj Slovenije. Služba Vlade RS razvoj in evropsko kohezijsko politiko ima vlogo nacionalnega organa za vse transnacionalne programe, obenem pa opravlja tudi naloge kontrole upravičenosti stroškov in aktivnosti projektov. Ministrstvo za finance – Urad za nadzor proračuna je odgovorno za naloge revizije v sklopu transnacionalne skupine revizorjev.
Podatke o izvajanju programov in uspešnosti slovenskih prijaviteljev (stanje julij 2020) si lahko ogledate v tej predstavitvi.
Prikaz razvoja Evropskega teritorialnega sodelovanja skozi čas je v svojem magistrskem delu z naslovom Evropsko teritoralno sodelovanje na transnacionalni ravni opisala ga. Nada Hozjan.
Programska navodila se nahajajo na domačih spletnih straneh posameznih programov.